Xã Thanh Hưng được thành lập vào ngày 16 tháng 4 năm 1988 trên cơ sở một phần diện tích và dân số của xã Thanh Chăn và xã Thanh Luông.

Ngày 21 tháng 11 năm 2019, điều chỉnh 0,25 km2 diện tích tự nhiên và dân số của xã Thanh Hưng vào phường Thanh Trường, điều chỉnh 0,27 km2 diện tích tự nhiên và 540 người của xã Thanh Hưng vào phường Nam Thanh của thành phố Điện Biên Phủ.[2]

Xã Thanh Hưng còn lại 19,47 km2 diện tích tự nhiên và 5.555 người.